生態(tài)系統(tǒng)環(huán)境損害鑒定主要是對農(nóng)業(yè)、林果業(yè)、畜牧業(yè)及水產(chǎn)業(yè)四個行業(yè)因污染環(huán)境或破壞生態(tài)訴訟涉及的專門性問題進行鑒別和判斷并提供鑒定意見的活動。該類別司法鑒定具體受理的業(yè)務如下：
（一）生態(tài)系統(tǒng)環(huán)境損害鑒定涉及農(nóng)業(yè)技術(shù)及損失鑒定：包括鑒定農(nóng)作物（包括糧食作物、油料作物、蔬菜作物、藥用作物等）種類；確定農(nóng)作物是否受損、損害數(shù)量、范圍和程度；判斷污染環(huán)境（排放的廢水、廢氣、傾倒填埋的固體廢物、農(nóng)業(yè)投入品質(zhì)量等導致大氣、地表水、地下水及土壤等環(huán)境因素的污染）與農(nóng)業(yè)生產(chǎn)損害之間的因果關(guān)系鑒定；判斷非法占用、工程建設(shè)、礦產(chǎn)開采、濫采濫伐、毀草開荒、建筑遮光、植物病蟲害、農(nóng)業(yè)投入品濫用、人為縱火、不可抗力自然因素等生態(tài)破壞行為與農(nóng)業(yè)生產(chǎn)損害之間的因果關(guān)系鑒定；鑒定受損農(nóng)作物面積、產(chǎn)量及產(chǎn)值損失。

（二）生態(tài)系統(tǒng)環(huán)境損害鑒定涉及林果業(yè)技術(shù)及損失鑒定：包括鑒定林木（包括經(jīng)濟林、用材林、防護林、苗圃等）品種（科屬、種類、樹齡）相關(guān)鑒定；確定林木/林果是否受損、損害范圍和程度；判斷污染環(huán)境（排放的廢水、廢氣、傾倒填埋的固體廢物、林果業(yè)投入品農(nóng)藥化肥等導致大氣、地表水、地下水及土壤等環(huán)境因素的污染）與林果業(yè)生產(chǎn)損害之間的因果關(guān)系鑒定；判斷非法占用、工程建設(shè)、礦產(chǎn)開采、濫采濫伐、毀林開荒、建筑遮光、林業(yè)病蟲害、林業(yè)投入品濫用、人為縱火、不可抗力自然因素等生態(tài)破壞行為與林果業(yè)生產(chǎn)損害之間的因果關(guān)系鑒定；鑒定受損林地面積、林木材積、林木數(shù)量、果樹產(chǎn)量、林木和林產(chǎn)品的產(chǎn)值損失等。

（三）生態(tài)系統(tǒng)環(huán)境損害鑒定涉及畜牧技術(shù)及損失鑒定：包括鑒定牲畜、家禽、特種養(yǎng)殖等動物的品種鑒定；確定牲畜家禽等是否受損、損害范圍和程度；判斷污染環(huán)境（排放的廢水、廢氣、傾倒填埋的固體廢物、飼料業(yè)投入品農(nóng)藥化肥等導致大氣、地表水、地下水及土壤等環(huán)境因素的污染）與畜禽生產(chǎn)損害之間的因果關(guān)系鑒定；判斷非法占用、工程建設(shè)、振動噪音、人為爆破、非正常斷電等生態(tài)破壞行為與畜禽生產(chǎn)損害之間的因果關(guān)系鑒定；鑒定畜禽業(yè)的產(chǎn)量、產(chǎn)值等農(nóng)業(yè)損失。

（四）生態(tài)系統(tǒng)環(huán)境損害鑒定涉及水產(chǎn)技術(shù)及損失鑒定：包括鑒定海水和淡水養(yǎng)殖的動植物的品種鑒定；確定魚、蝦、蟹等水產(chǎn)品是否受損、損害范圍和程度；判斷污染環(huán)境（排放的廢水、廢氣、傾倒填埋的固體廢物、水產(chǎn)養(yǎng)殖投入品等導致大氣、養(yǎng)殖水域等環(huán)境因素的污染）與漁業(yè)生產(chǎn)損害之間的因果關(guān)系鑒定；判斷非法占用、工程建設(shè)、振動噪音、人為爆破、非正常斷電等生態(tài)破壞行為與漁業(yè)生產(chǎn)損害之間的因果關(guān)系鑒定；鑒定水產(chǎn)品的產(chǎn)量、產(chǎn)值等農(nóng)業(yè)損失。